A priori pas de souci du moment que les applis ont un nom différent (typiquement incluant le numéro de version) car deux fichiers ne peuvent avoir le même nom.
Renommer le fichier de l'appli ne devrait pas avoir d'incidence sur son fonctionnement.
Reste le souci que les fichiers de préférences soient les mêmes et que les prefs plus récentes ne plaisent pas à l'ancienne version. Comme ces fichiers sont normalement stockés dans le dossier utilisateur/bibliothèque/préférences, je pense qu'il suffit d'avoir deux comptes utilisateur distincts pour utiliser chaque version du logiciel et être sûr que les préférences ne se mélangent pas.
Tu peux aussi créer un compte utilisateur temporaire (à effacer une fois les tests effectués) et tenter d'utiliser les deux versions sur cette cession, pour vérifier si ça fonctionne, sans toucher à ton compte utilisateur principal.